游戏中基本的内容与前作十分相似，《模拟火车2004》的系统是一个由少数几个因素组成的很简单系统，很容易就能上手。游戏中的检测系统模式能够让你检查那些充满了各种开关和信号的铁道线路的详细情况；而驾驶员模式则让你在铁道线上自由地驾驶；铁道模式（Railyard）则可以让你清楚的看到自己的火车在线路上运行的样子。此外，在铁道模式下你可以发现《模拟火车2004》已经把原作中最大的缺点给改正了。在游戏中，你能用到的不仅有蒸汽机车，还有柴油机车以及电动机车。此外，游戏中你不仅能用到Flying Scotsman以及Union Pacific Big Boy这些著名的蒸气机车，甚至连意大利在19世纪20年代出产的火车头也会在游戏中出现。
